Lo simple es genial, no importa si hablamos de software o de aviones, si es simple (generalmente) es mejor.
Particularmente en el área de las herramientas de administración de bases de datos, y específicamente MySQL, existen varios programas muy populares, por ejemplo: phpMyAdmin y MySQL Query Browser. A estos dos programas podemos sumar una muy interesante opción: SQL Buddy.
SQL Buddy nos ayuda a administrar nuestras bases de datos vía Web, ya sean locales o remotas. Con una instalación muy sencilla (tan sencilla que no necesita instalación 
) , una interfaz agradable y con traducción al español, es una opción que deberíamos considerar. Requiere PHP 4.3+, MySQL 4+ y ha sido liberado bajo la licencia MIT.
Una opcion mas completa y amigable y multi plataforma es navicat.
Gracias por el dato Pablo, no conocía navicat, se ve con bastantes funcionalidades. Tiene una versión ‘Enterprise’ pagada y una ‘Lite’ gratis. Lo bueno es que, como decías, tiene una versión para Linux. Sin embargo, se agradecería que tuviera una versión libre ya que, si no me equivoco, su licencia es cerrada.